青森県青森市の三内丸山遺跡（縄文時代前期、約5500年前）の、遺跡北部に南北に入り込んでいる谷は「遺物廃棄ブロック」と呼ばれているが、ここに堆積する有機物を多く含む泥土を分析試料として採取、分析した結果、1cm3あたり13000個を超す寄生虫卵が検出され、その種類から人の排泄物と判断されたため、谷が「トイレ空間」として利用されていることがわかった。寄生虫卵のほとんどが鞭虫卵で、少量の異形吸虫卵を含んでいた。このことから、三内丸山の縄文人が鞭虫症による腹痛などの消化器症状に悩まされていたこと、鞭虫卵に汚染されやすい野草・野菜または水を摂取していたこと、異形吸虫類は沿岸魚から稀に感染することから海水魚が食されていたこと、淡水魚や獣類に起因する寄生虫は見いだせず、これらは常食されていなかっただろう、ということがわかった。
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滋賀県大津市の粟津湖底遺跡・第3貝塚（縄文時代中期、約5000年前）では糞石が出土している。貝層の堆積のスピードが急であることを考慮すると、トイレ空間として認識されていなかった可能性も高い。
奈良県田原本町の唐古・鍵遺跡（弥生時代中期、紀元前1世紀?後1世紀）では弥生時代唯一とされる糞石が出土している。太さ2.9cmと太く、よくしまっている。
奈良県桜井市の纏向遺跡（古墳時代前期、3世紀末?4世紀前半）では導水施設を確認している。