1879年（明治12年）には学制を廃止して新しく教育令が公布されたが、教学聖旨などの儒教主義への回帰主義に逆らうことはできず、 翌年1880年（明治13年）に「改正教育令」としてその内容をガラリと変えることになる[12]。 この改正教育令の特徴は教科の順番で修身が一番先頭に来ていることであり[23]、以後、太平洋戦争が始まるまで学校教育においては道徳教育（修身）が筆頭となることとなった[19]。 具体的には、例えば、この翌年1881年（明治14年）に作成された『小学校教則綱領』では小学校における修身科の授業時間数が学制の時に比べて12倍に増え[24]、 同年にこの改正教育令に基づいて作られた『小学校教員心得』では教師は児童・生徒に知識を教え込むのではなく道徳性を持たせるべきであるとされた[25]。
さらに、その修身科の内容も儒教色の濃いものとなった [26]。 例えば、前述のように修身科の教科書として翻訳書を禁止した一方で、 元田永孚の『幼学綱要』(1882)や、西村茂樹の『小学修身訓』(1880)『小学修身書』(1883)など新しい教科書を儒学者によってつくらせた[20]。 また、1882年（明治15年）の文部省による『小学修身編纂方大意』においては 「儒教が日本固有の道徳倫理に密接に関係している」「欧米の倫理学は日本の風土に合わない」といったことがと書かれており、 これにもとづいた教科書からはもはや西洋の格言などが姿を消した[26]。
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このような「道徳教育重視」の流れによって、この時代の学校教育は干渉主義・統制主義の強いものになった[23]。 前述のような教科書の統制だけではなく、1881年（明治14年）には『教員品行検定規則』によって「教師の反体制的言動・思想」が規制の対象となったり、修身科以外の教科に対しても内容干渉がおこなわれたりするようになり、各教科の自立性が失われる結果となった[27]。
こうして、この改正教育令によって維新以降進められてきた欧米化政策は「強力な国権的ナショナリズム」のもとに吸収されていくこととなり[23]、これ以降、国粋主義的・軍国主義的な思想が教育の中に反映されていくことになる。